Управление Учреждением осуществляется в соответствии с федеральными законами, иными нормативными правовыми актами и настоящим Уставом на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.
Директор МБОУ «Основная школа №13» осуществляет текущее руководство деятельностью Учреждения
Органы управления МБОУ «Основная школа №13»: общее собрание работников Учреждения - председатель Михайлова О.Н.., педагогический совет - председатель Зотина Н.А., Совет школы - председатель Веймер Ю.С
В целях содействия Учреждению в осуществлении воспитания и обучения детей в Учреждении, обеспечения взаимодействия Учреждения с родителями (законными представителями) обучающихся действует Общешкольный родительский комитет.